O novo Catan Júnior passa-se num conjunto de seis ilhas em que os jogadores constroem esconderijos e encontram a misteriosa ilha encantada, onde vive o Capitão Fantasma. Cada ilha gera um recurso específico: madeira, cabras, melaço ou espadas. Os jogadores devem usar esses recursos para construir navios, alargar o seu domínio e construir novos esconderijos de onde vão dominando o jogo.